除了一般细胞都会有的DNA酶，蛋白质酶等，还有甘油脱氢酶，乙醛脱氢酶等等特有酶种。

酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母克隆载体的种类也很多。酵母菌也有质粒存在，这种2pm长的质粒称为2m质粒，约6300bp。这种质粒至少有一段时间存在于细胞核内染色体以外，利用2pm质粒和大肠杆菌中的质粒可以构建成能穿梭于细菌与酵母菌细胞之间的穿梭质粒。酵母克隆载体都是在这个基础上构建的。